Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM) merupakan organisasi kemahasiswaan di tingkat Universitas yang berfungsi menampung berbagai minat dan bakat dari mahasiswa Universitas Janabadra. Unit Kegiatan Mahasiswa yang ada di Universitas Janabadra antara lain:
- UKM Taekwondo
- UKM Silat
- UKM Karate
- UKM Tarung Drajat
- UKM Bola Basket
- UKM Sepak Bola
- UKM Bola Voly
- UKM Seni Budaya
- UKM Paduan Suara
- UKM Jama'ah Ashafuddin
- UKM Janamusikal
- UKM Mapala Janagiri
- UKM Hosana Alabare
- UKM Robotik
- UKM Sinematografi
- UKM Menwa